ENCODE Toolkit
Поиск, загрузка и учёт геномных данных проекта ENCODE
npx -y encode-toolkit
Запускается на вашем компьютере. RusMcp не запускает и не проверяет код пакета — посмотрите исходный код перед установкой.
Установка
Пакет encode-toolkit из npm, последняя версия. Выберите ассистент и добавьте сервер в его настройки.
Настройки → Developer → Edit Config: файл claude_desktop_config.json
{
"mcpServers": {
"encode-toolkit": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}{
"mcpServers": {
"encode-toolkit": {
"command": "cmd",
"args": [
"/c",
"npx",
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}Выполните в терминале
claude mcp add --transport stdio encode-toolkit -- npx -y encode-toolkitclaude mcp add --transport stdio encode-toolkit -- cmd /c npx -y encode-toolkitФайл .cursor/mcp.json в проекте или ~/.cursor/mcp.json — для всех проектов
{
"mcpServers": {
"encode-toolkit": {
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}{
"mcpServers": {
"encode-toolkit": {
"command": "cmd",
"args": [
"/c",
"npx",
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}Файл .vscode/mcp.json в проекте
{
"servers": {
"encode-toolkit": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}{
"servers": {
"encode-toolkit": {
"type": "stdio",
"command": "npx",
"args": [
"-y",
"encode-toolkit"
]
}
}
}На Windows npx запускается через cmd /c — иначе ассистент его не найдёт.
Описание
ENCODE Toolkit помогает исследователям работать с данными проекта ENCODE — крупного каталога геномных экспериментов. Подходит биологам и биоинформатикам. Можно искать эксперименты и файлы с подробными фильтрами, смотреть доступные значения фильтров и количество данных по ним, получать подробности об эксперименте и файле, скачивать файлы по одному или пакетом. Сервер ведёт локальный учёт отслеживаемых экспериментов: публикации и цитирования, оценку совместимости двух экспериментов для общего анализа, учёт происхождения производных файлов, внешние ссылки, сводку по коллекции и выгрузку в CSV, TSV или JSON. Для закрытых и ещё не опубликованных данных можно указать свои учётные данные ENCODE. Сервер ставится как пакет и запускается на компьютере пользователя.
Инструменты
Список инструментов появится после проверки. Пакет запускается у вас — посмотрите README в исходном коде.
Вопросы, новые серверы, обсуждение MCP
t.me/rusmcp · t.me/RusMcp_bot